種子島高校のめざす理想を凝縮した校訓は，次のとおりです。

誠　実　　心身とも健康で豊かな教養を身につけた生徒
気　魄　　ひるむことなく物事に敢然と立ち向かう生徒
寛　恕　　他人への思いやりと共生の精神にみちた生徒
創　造　　創意工夫し，夢を形にする努力のできる生徒