学制改革により，昭和２３年４月から種子島高等学校は総合制（一部種子実・二部種子中・三部種子高女・四部定時制）をとったため新しい校章の必要が生じ，これを広く公募し制定したものである。
　形は鉄砲百合で，誇り高い西洋文化の先進地，鉄砲伝来の種子島を示し，色の純白は純乎にして純潔を表したものである。