新設種子島高校の部活動は，種子島高校・種子島実業高校両校の部活動を継承・発展しています。
　下記の部は，平成１９年５月３０日現在のものです。

■文化部
文芸部　演劇部　吹奏楽部　美術部　科学部　手芸部　情報科学部　イラスト部　写真部　郷土研究部

■運動部
野球部　柔道部　バレーボール部　陸上部　バスケットボール部　卓球部　弓道部　空手道部　サッカー部　バドミントン部　テニス部　ソフトテニス部　剣道部　ソフトボール部

■同好会
軽音楽同好会