第一期生の生徒が作詞し，永井哲教諭　芸術（音楽）が曲をつけて，本校の校歌が完成しました。

種子島高等学校　校歌

（平成１９年２月１９日制定）作詞：第一期生  作曲：永井　哲

一　鳥翔ぶ島の　空高し
　　白波立てり　黒潮に
　　我が学舎より　見渡せば
　　波濤に向かう　眉高く
　　ああ　遥かなれ　種子島高校

二　蝶舞う島に　薫る風
　　咲き誇る百合　白妙に
　　我が学舎より　見渡せば
　　歴史を築く　陽が昇る
　　ああ　希望あれ　種子島高校

三　花揺れる島に　笑顔咲き
　　澄める瞳に　夢映し
　　我が学舎より　見渡せば
　　未来を担う　命燃ゆ
　　ああ　栄えあれ　種子島高校