美しい種子島を育てた黒潮の恩恵と力強さをあらわす「紺青色」がスクールカラー。「紺青色」はスポーティでアクティブ，でも緻密で崇高なイメージ。そして，不幸な人を見過ごせない慈悲深さ，自尊心があり名誉を重んじる色なのです。種子島高校は，共生の心を大切にしてきた種子島の原点から出発したことを忘れないために「紺青色」をスクールカラーにします。