種子島高校のめざす理想を凝縮したシンボルマークは，次のとおりです。種子島の象徴の鉄砲ユリ。三本のユリは，普通科・生物生産科・電気科を表現するとともに，家庭・学校・社会を表しています。さらに，学科の枠を超えた幅広い学習を通して多様な進路を実現する生徒と，その夢を優しく包み込み，慈しみ育てる気持ちを背景の紺青色の円が表現します。