平成15年10月30日　　「かごしま活力ある高校づくり計画－基本計画－」策定（県教育委員会）
平成17年 2月25日　　「かごしま活力ある高校づくり－実施計画－」策定（県教育委員会）
平成17年 4月 1日　　新設高校（北種子島地域）開校準備室職員発令，九万田昭が初代校長に任命
平成17年 4月 4日　　新設高校（北種子島地域）開校準備室設置式挙行
平成17年 5月18日　　Webページ開設
平成17年 6月 1日　　校名を「鹿児島県立種子島高等学校」と決定（県教育委員会）
平成17年 6月10日　　設置学科を「普通科・生物生産科・電気科」と決定（県教育委員会）
平成17年 7月19日　　校札除幕式・学校設置式挙行
平成17年 8月 4日　　制服制定
平成17年10月17日　　校訓・シンボルマーク制定
平成18年 4月 1日　　開校
平成18年 4月 7日　　開校式並びに第１回入学式挙行，第１期生180名入学
平成19年 2月19日　　校歌制定
平成19年 4月 9日　　第２回入学式挙行，第２期生183名入学
平成20年 4月 1日　　本村誠人が第２代校長に就任
平成20年 4月 8日　　第３回入学式挙行，第３期生154名入学
平成21年 2月27日　　種子島高等学校同窓会「黒潮会」発足
平成21年 3月 2日　　第１回卒業式挙行，第１期生174名卒業